为适应感染性疾病谱变化，复旦大学附属中山医院创立于2014年，以“疑难复杂细菌真菌及耐药菌感染”和“发热待查”为特色，升级打造国内首个“感染病诊断、治疗和预防为一体”的大感染模式，使中国的感染病患者得到与国际水平同步的感染病专家的诊疗与救治。 中山医院感染病科和医院感染管理科为国家卫健委医管所“细菌真菌感染诊治培训项目（培元计划）”培训基地、国家医院感染管理专业质控中心、欧洲临床微生物与感染病学会在中国的协作中心（ESCMID Collaborative Centre）。感染病科目前开设2个病房，开放床位49张，为应对各类公共卫生事件和重症肺炎的诊疗，特设14张独立的负压病房，并配备可视化重症监护系统、Philips便携式超声系统、高流量湿化治疗仪和无创呼吸机、呼吸机、Olympus高清电子支气管镜系统等先进医疗设备。同时开设感染病专家门诊、专病与普通门诊、“发热待查”多学科诊疗门诊，并承担发热门诊的诊疗管理、全院感染病的临床诊治和抗菌药物指导任务。