复旦大学附属中山医院工会是职工自愿结合的工人阶级群众组织，是党联系职工群众的桥梁和纽带，是会员和职工权益的代表。工会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的二十大精神，深入贯彻习近平总书记欧洲杯滚球平台：工人阶级和工会工作的重要论述，紧密围绕医院中心工作，按照《中华人民共和国工会法》和《中国工会章程》独立自主地开展工作，依法行使权利和履行义务，努力做好医院高质量发展的“助推器”。
工会委员会是工会组织的领导机构，是职工代表大会的工作机构。中山医院第一届工会委员会于1949年10月选举产生。本届（第十八届）工会委员会于2021年12月换届选举产生，由23位委员组成，现任主席李耘（中山医院党委副书记），常务副主席沈松，副主席张玉侠、姜林娣、周晓岗，专职副主席栾骁。工会下设部门工会9个，工会小组97个，全体职工为工会会员。
工会在医院党委领导下，加强以职工代表大会为基本形式的民主管理，深入推进院务公开；切实履行维权职责和劳动保护监督职能，保障职工合法权益；加强职工关爱和帮扶保障体系建设，为职工办实事、做好事、解难事，提升职工幸福指数；积极开展群众性文体活动，焕新文化活力、夯实文化根基、打响文化品牌，建设温暖“职工之家”；大力弘扬劳模精神、劳动精神、工匠精神，树立行业标杆，发挥引领作用，推动知识型、技能型、创新型职工队伍建设。
中山医院历年来荣获全国五一劳动奖状、全国厂务公开先进单位、上海市十佳厂务公开民主管理工作先进单位、上海市职工最满意企（事）业单位、上海市优秀学习型组织、上海市卫生系统院务公开民主管理先进单位、上海市卫生系统学习型示范单位等荣誉称号。中山医院工会先后被评为全国模范职工之家（1988年首批）、全国“职工书屋”示范点、上海市模范职工之家、上海市人文关怀心理疏导示范点、上海市职工体育示范基地、上海市卫生系统先进职工之家、上海市卫生系统文化艺术基地等荣誉称号。